Hoạt động chủ yếu của TCTVHQT là:

• Tạo nên mối liên hệ bền chặt và bền lâu giữa văn phòng thủy văn của các quốc gia thành viên.
• Nghiên cứu các vấn đề liên quan đến thủy văn học cùng các ngành khoa học và kĩ thuật có liên quan.
• Xúc tiến trao đổi tài liệu và bản đồ hàng hải giữa văn phòng thủy văn của các chính phủ thành viên với nhau.
• Đề nghị hướng dẫn và tư vấn theo yêu cầu, đặc biệt cho các quốc gia đang thiết lập hoặc mở rộng dịch vụ thủy văn của mình.
• Khuyến khích sự phối hợp giữa những cuộc khảo sát thủy văn và các hoạt động hải dương học có liên quan.
• Mở rộng và tạo điều kiện thuận lợi cho việc áp dụng các kiến thức hải dương học vì lợi ích của những người đi biển.
• Hợp tác với các tổ chức quốc tế và tổ chức khoa học có cùng mục tiêu.

TCTVHQT phát triển các tiêu chuẩn đo vẽ bản đồ hàng hải và thủy văn được các nước thành viên công nhận. Tất cả các thành viên cần tuân thủ những tiêu chuẩn đó khi tiến hành khảo sát, vẽ hải đồ và xuất bản các ấn phẩm có liên quan. Việc sử dụng gần như phổ biến các tiêu chuẩn này mang một ý nghĩa, đó là những sản phẩm và dịch vụ từ các văn phòng hải dương học và thủy văn học trên thế giới càng ngày càng trở nên thống nhất với nhau và được thừa nhận không chỉ bởi giới đi biển mà còn bởi những đối tượng khác. Nỗ lực chuẩn hoá đã thu được nhiều thành quả từ khi TCTVHQT thành lập cho đến nay.